Selon plusieurs sources, le général Gilbert Diendéré a été inculpé de complicité dans l’assassinat du président Thomas Sankara. Le général Gilbert Diendéré devra donc s’expliquer sur le rôle qu’il aurait joué dans la préparation et l’exécution du coup d’Etat du 15 octobre 1987 qui a coûté la vie au capitaine Sankara et à douze autres personnes présentes à ses côtés. Tout en confirmant l’inculpation de son client, Me Mathieu Somé souligne qu’il prépare déjà la défense du général Gilbert Diendéré 

Au cours d’une conférence de presse en octobre dernier, le directeur de la justice militaire avait déclaré qu’il n’était pas exclu que l’ancien président Blaise Compaoré et son bras droit, le général Gilbert Diendéré, soient poursuivis dans l’affaire du capitaine Sankara. 

Les avocats et la famille de Thomas Sankara attendent toujours les résultats du test ADN effectué dans la supposée tombe du père de la révolution burkinabè. Les rapports d’autopsie et balistiques avaient fait état de plusieurs impacts de balles sur le corps de Thomas Sankara. Selon l’un des avocats de sa famille, le président a été criblé de balles durant le putsch du 15 octobre 1987. 

Une dizaine de personnes, dont plusieurs soldats de l’ex-régiment de sécurité présidentielle, ont été inculpées pour leur implication présumée dans cette affaire. Concernant le général Gilbert Diendéré, tous les chefs d’inculpation n’ont pas été officiellement annoncés.