Les fonctionnaires ont déclaré que le centre El Nadeem éminent avait violé les règlements du ministère de la santé non précisée.
Mais le directeur du centre dit que la décision a été «motivée politiquement».
Des groupes de droits ont critiqué le gouvernement égyptien pour sa répression contre les dissidents, et il y a eu une forte augmentation des allégations de torture par des fonctionnaires.
Le centre El Nadeem basée au Caire a fonctionné depuis 1993, fournissant un soutien et des conseils aux victimes de la torture.
Aida Seif al-Dawla, le directeur de l'organisation, a déclaré que le groupe avait été donné jusqu'à lundi pour fermer, mais a promis de défier l'ordre.
"A moins qu'ils ne nous arrêtent tout, nous allons continuer à travailler," at-elle déclaré à la BBC.
Amnesty International a déclaré que le mouvement contre le centre El Nadeem semble être une "extension de la répression en cours sur les militants des droits de l'homme en Egypte".
Orla Guerin de la BBC au Caire affirme que le mouvement vient à un moment où les disparitions forcées sont à la hausse, et au milieu de préoccupations croissantes concernant les allégations de torture par les services de police et de renseignement.
Les groupes des droits de l'homme accusent les forces de sécurité d'avoir torturé des détenus et de la détention de militants présumés militants islamistes ou sans signaler leur arrestation, allégations rejetées par le gouvernement.
Il y a deux semaines, le cadavre mutilé d'étudiant italien Guilio Regeni a été trouvé par une route, au milieu d'allégations selon lesquelles il avait été enlevé par les services de sécurité, qui Caire refusée.
Le président égyptien Abdul Fattah al-Sisi a conduit au renversement du militaire du président islamiste Mohamed Morsi en 2013, à la suite des manifestations de masse.
bbc
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